Márton Balogh  lucrează la Fundația Civitas începând cu anul 2000. În perioada 2000 – 2004 ocupă poziția de director de programe al Fundației iar, începând cu anul 2004 este director regional  al biroului din Cluj – Napoca. În această calitate a participat la elaborarea și implementarea a peste 150 de proiecte în domeniul dezvoltării rurale, economiei sociale, reforma administrației publice.

A fost membru al Comitetului de Monitorizare pentru Programul Operațional  Sectorial Dezvoltarea Capacității Administrative (POSDCA) și  al Comitetului de Monitorizare pentru Programul Național de Dezvoltare Rurală (2007 – 2013 și 2014 – 2020).

Este conferențiar universitar doctor în cadrul Departamentului de Administrație și Management Public, al Universității Babeș – Bolyai, susținând cursurile de Managementul Organizațiilor Neguvernamentale, Politici Publice și Managementul Proiectelor, atât la nivel licență, cât și la nivel master Autor a mai multor studii, cercetări și suporturi de curs în acest domenii